Сколько заложить в бюджет на ЕРП?

[mazzy]

общаяпризнанаая оценка общих затрат на внедренение - до 5% от годового оборота.
Видимо вы именно с этой оценкой и столкнулись.

Лицензии на стандартный Навижин дешевле лицензий на стандартную Аксапту процентов на 10-20, ЕСЛИ не ведется тотальная разработка.
В Аксапте инструменты разработки покупаются один раз, а в Навижине надо закупать частями.
Поэтому, если доработок планируется много, то стоимость лицензий становится очень и очень сравнимой.

Стоимость работ почти одинакова.

С точки зрения производительности я бы порекомендовал Аксапту. Хотя на 50-60 пользователях и Навижин неплох. Но если вы планируете рост до 100-150 пользователей, то Аксапта будет однозначно лучше.

Отдельно хотелось бы коснуться расчета ЗП.
Если собираетесь считать реальную ЗП и ее влияние на себестоимость, то делайте это в Навижин/Аксапте.
Если собираетесь считать белую ЗП и сдавать отчетность, то лучше возьмите какой-нибудь специализированный продукт для расчета ЗП и не парьтесь.

В остальным нужно больше деталей.