Проблема с переходом со Средней на ФИФО

[Андре]

Подозреваю, что проблема в том, что после закрытия по средней у вас остались неполностью сопоставленные проводки. Причем эти проводки уже сопоставлены в отношении "многие-ко-многим" (все открытые расходы со всем открытыми приходами).
Подозреваю, что последующий пересчет по ФИФО просто не знает, что делать с такими проводками и сопоставлениями.
Списание остатков и приходование их заново приведет к тому, что мы получим новые, ни с чем еще не сопоставленные приходы, что решит проблему.

Но все вышенаписанное - мои догадки. Надо смотреть код в отладчике.