некоторые проблемы конечно будут, а именно придётся как-то дополнительно хранить "живые" индексы (ну или "неживые"). Но это тоже несложно реализуемый технический вопрос.
В этом случае потеряется единственное преимущество использования стандартного одномерного массива - простота реализации.
В общем, использование одномерного массива для реализации двумерного динамического - априори неудачная идея .