В дополнение к тому, что написал Axapta еще на всякий случай замечу, что подобная картина наблюдается если АОС находится в режиме "Отклонить новых клиентов". Но перезагрузка АОСа в любом случае из этого режима выводит.
компиляция в CIL происходит в отдельной сессии с типом SessionType::Worker
Сессии отклоняются - новой сессии нет - нет компиляции