Ссылка на доку:
How to: Schedule Cross-references Without a Batch. Я сам на трешке делал компиляцию через SysStartupCmd с рассылкой ошибок по почте (но без перекрестных) - работало нормально.
Кстати, припоминаю, что когда 2009 выходила, это было обозначено как новая фича - наверное это и есть рекомендуемы способ.