Разобрались
Причина была в настройке "Минимальная коррекция пропускной способности" =1 руб. система отрабатывала следующим образом: Во время первой итеррации пересчета находилась сумма прихода по ном-ре и финансовым аналитикам, согласно которой эта сумма должна была браться за базу при расчете себестоимости списания. Но в случае если был найден перенос –корректировалась пара проводок проводка списания, так и
проводка прихода. На следующей итеррации пересчета система проверяла если ранее выполнялась корректировка прихода и она была больше чем указанный порог в параметре Минимальная коррекция пропускной способности, то изменяла базовую сумму прихода на эту сумму, а если меньше то пропускало. Таким образом получалось, что в случа если корректировки прихода меньше 1 руб, то в конечном итоге после первого пересчета не досписывалась вся себестоимость, т.к базовая сумма прихода бралась без учета себестоимости приходов по проводкам переноса. И как следствие только последующие пересчеты или закрытие окончательно могло досписать нужную себестоимость. Выход из ситуации уменьшение параметра до 1 коп, как следствие увеличение точности базовых пересчетов но конечно это повлияет на быстродействие пересчетов.