[sukhanchik]

Не совсем ответ на Ваш вопрос (по поводу индексов), однако небольшое замечание - которое можно принять к сведению. Если речь идет об импорте данных - т.е. о вставке данных - т.е. исполнения метода insert - то обратите внимание на класс \System Documentation\Classes\RecordInsertList. Пример - там же. Весьма ускоряет процесс вставки. Правда неактуален в случае обновления данных, т.е. исполнения метода update.

Если говорить про обновление - то напрашивается вопрос - а как Вы импортируете данные? (собсно - откуда вызов метода update при импорте) ?
По поводу индексов. Если Вы грешите на индексы - закачайте эту таблицу напрямую в БД, минуя Аксапту (только ради эксперимента; без RecId). Если скорость существенно не изменится - значит действительно дело в индексах. Просто проблема может быть и не в них.