Конечно, случиться!
Если удалить слой, то при синхронизации (которая автоматически стартует при компиляции) пропадут все кастомные поля. К счастью, умные люди предусмотрели такое действие, как бэкап. А особо одаренные - как restore
И если Вы воспользуетесь этими пунктами (бекап до сноса слоя и ресторе после последней компиляции), то все должно восстановиться и заработать!
Удачи!