Вам хочется, чтобы другие все разжевали и положили в рот.

Так не бывает. Вы задаете общие вопросы и Вам указываются только общие пути, по которым стоит идти. А до истины Вы будете добираться сами. Это интереснее.

Какой вопрос, такой и ответ

Разница между физической и финансовой себестоимостью при обработке Заказов возникает по причине списания товара по мгновенной себестоимости. Разве этого упоминания нет в руководстве? Вы не читали этого? Что еще не понятно?
По поводу флажка "Включать физическую стоимость", на стр.209 руководство все расшифровывается. Что не понятно? К финансовым проводкам добавились физические. Себестоимость и изменилась. Какой флажок поставили, такую себестоимость и получили.