Кроме кредит-ноты иного выхода просто нет. Точнее выставляю еще одну накладную на величину скидки со знаком минус. Так можно. Cогласно ПБУ цитирую, именно мой случай, тут про торговые скидки, но для скидок по оплате все аналогично (см. ссылку) :
В случае предоставления покупателю торговой скидки (при приобретении товаров в определённом количестве или на установленную сумму), величина скидки может быть определена только после покупки товаров в объеме, необходимом для её получения. До наступления данного момента не известно, воспользуется покупатель возможностью получения скидки или нет. В этом случае до исполнения условия скидки выручка отражается без учета скидки, а после выполнения условия о предоставлении скидки корректируется на сумму скидки способом «красное сторно».
При выполнении условия о предоставлении скидки покупателю должен быть выставлен счёт, в котором указывается сумма, на которую уменьшается его задолженность перед продавцом, то есть, выставляется «отрицательный счёт» (который иногда называют кредит-нота) и счёт-фактура на сумму скидки со знаком «минус». В счёте и счёте-фактуре указывается основание скидки, а также период, за который она предоставлена.
Подробнее см. ссылку