Любой одиночный запрос от навижн работающий более 5 секунд - уже не нормально. (Кроме исключительных ситуаций)
Для того чтобы точно определить суть проблемы, нужно узнать на каком ресурсе происходит блокировка, с каким режимом и какого она типа.
Этой статьи достаточно чтобы стать upper intermediate по блокировкам в sql 2000
http://rsdn.ru/article/db/mssqllocks.xml