Вот что есть в доке, относительно упомянутой галочки:
Флаг в поле Автомат. Учет Себест. означает, что при учете товарной операции, программа автоматически учитывает операции по финансовому счету себестоимости товара, счету коррекции и счету себестоимости продажи в книге финансовых операций.