Самый простой и самый тяжелый способ - включите лог базы данных.
Способ посложнее в исполнении, но менее нагружающий сервер - включите modifyed Date, Time, TransactionID у отслеживаемых таблиц.
Способ самый сложный, но гарантированный - добавьте свое поле - номер сессии обмена. Перехватите update, очищайте это поле (или модифицируйте). При обмене устанавливайте. Обратите внимание, что при этом способе у вас остается два варианта обновления - нормальный и backdoor. Когда пользователь просто обновляет запись в форме, либо программист вызывает update() - запись будет помечена для синхронизации. Когда программист вызывает doupdate() - запись изменится, но пересинхронизироваться не будет.
Лучше вообще не программируйте
Аксапта нормально делает аудиторский след, не перепроводит и не переписывает проводки. Поэтому, если вы не создавали себе процедуру редактирования разнесенных проводок, то проблем у вас быть не должно. Но заморачивайтесь с измененными данными.