Это, собственно, проблема почти всех неадобовских выводилок в PDF - то шрифты не сохраняются, то сохраняются, но неправильно. Загляните на форум
www.adobe.ru - там по этому поводу масса интересного и ни одного окончательного, на все случаи жизни, ответа.
В качестве альтернативы можно попробовать FreePDF (
http://shbox.de). Это фриварная надстройка над Ghostscript, работает как виртуальный принтер. Там хотя бы есть возможность аккуратно порулить настройками и поменять шрифты.