Под штатными средствами имел ввиду программиста в штате
Если Физ. сумма отличается от Суммы затрат в Инвент трансе, это же ещё не означает наличие расхождений между модулем запасами и ГК, как заявлено в теме.
Меня в Вашем случае больше смущает, что в одном заказе на перемещение даже после пересчета суммы затрат разные.
Какая версия у вас? Какой метод расчета стоимости используете?