[Pustik]

Сейчас потестировал, все-таки можно и глобально подойти к этому вопросу:
в методе initFromSalesTotals класса SalesFormLetter
вместо

if (salesTotals.totalAmount() < 0)
                creditNote = NoYes::Yes;
            else
                creditNote = NoYes::No;

можно поставить

if (salesTotals.totalAmount() < 0 || salesTotals.totalQty() < 0)
                creditNote = NoYes::Yes;
            else
                creditNote = NoYes::No;