Объясняю, почему в работающей базе (в которой уже есть данные и она запущена в рабочую эксплуатацию) разъединить проще, чем объединить.
Разъединение можно сделать простым экспортом нужной таблицы, а затем импортом в реальные компании, попутно удалив лишние записи в каждой компании. Как правило, это довольно легко: быстро находятся записи, не связанные ни с чем и удаляются. Осталось проверить, что суммарное количество записей в двух (или нескольких) компаниях сохранилось и все. Можно даже в реальной базе зайти в SQL Query и поправить DataAreaId (проблема может быть с номерами). Но экспорт-импорт надежнее, типа средство штатное.
А вот объединить.... Не помню уже точно, какие таблицы пришлось объединять, но проблема была в том, что появились неуникальные записи из-за одинакового нумератора, которые раньше различались только DataAreaId. А чтобы исправить номера в одной таблице, нужно их также поправить во всех, где этот номер встречается. Можно представить, сколько таблиц придется перелопатить, если объединять таблицу InventDim, например, а если LedgerTrans, то лучше вообще не браться
