В качестве идеи: можно попробовать поиграться с инструментами для создания portable приложений. Например
http://ru.wikipedia.org/wiki/VMware_ThinApp.
Они работают по принципу сравнения двух снимков системы - до установки программы и после. Таким образом, чисто теоретически можно вычислить какие именно изменения были внесены в систему конкретным приложением.