В стандарте несколько ограниченный функционал для этого есть.
В DAX4 в российской функциональности есть мастер распределения остатков по какому-либо счету на себестоимость номенклатуры (а косвенные расходы, как правило, это и есть остаток по соответствующим счетам). Находится он в периодических операциях закрытия и коррекции в кнопочном меню Корректировка \ Мастер.
При его использовании есть несколько ограничений, в частности:
- баз распределения слишком мало для реальных ситуаций, fed об этом пишет в ветке "Управление затратами" в следующей версии Dynamics AX - ваши пожелания
- распределенные косвенные расходы смешиваются с прямыми расходами (по номенклатурам), поэтому, если в отчетах нужна как прямая себестоимость, так и полная, то простыми способами этого разделения не получишь.