[AraraT®]

Как вариант:
1. Закрыть склад на дату перехода
2. Создать новую группу складских аналитик с выключенным признаком "Финансовые запасы", но включенными "Физическими запасами", "Пропуск для прихода", "Пропуск для расхода"
3. Переназначить ее всем номенклатурам по которым ранее велся партионный учет
4. Выключить всякую генерацию партий
5. Продолжить вести учет:
5.1. Приходовать без указания партия
5.2. Расходовать с авторезервированием
Так партии сами по себе из наличия уйдут. Периодически закрывать склад и в момент, когда партий не останется в наличии, создать новую группу складских аналитик без партии вообще.