Вот ценникам-то точно все равно... Согласно законодательству, НСП включается в цену товара и при продаже для розничного покупателя не выделяется. Так что ценники можно спокойно менять в рабочем порядке. На старых ценах на 4 процента больше заработаете...
Отключение функциональности, IMHO, не есть гуд... Эта процедура может захотеть синхронизации и при оной грохнуть историю по НСП (хотя может и не грохнуть). Лучше, опять-таки править налоговые коды.