Если такой напряженный график, то лучше всего делать переименование с помощью прямых SQL запросов:
1. Создаете таблицу переименования (старый код, новый код)
2. На всякий случай желательно покопаться в функционале, может какие-нибудь таблички не попали в штатное изменение первичного ключа (например может не попасть прайс, правда я не проверял)
3. Создаете запросы на основании лога профайлера по нужным компаниям и п.2
4. Выгоняем пользователей
5. Прогоняем сформированные запросы (время выполнения ориентировочно меньше 2 часов)
6. Разглядываем последствия
7. Продолжаем работу в АХ
Если время простоя 2 часа (или какое покажет тест) неприемлемо, то можно вместо п. 4:
4.1 Создать (скопировать) новую номенклатуру с правильными кодами
4.2 Заблокировать вновь созданную и предназначенную к переименованию
Далее прогоняем последовательно запросы, каждый в своей транзакции. Это может быть дольше, т.к. их могут заблокировать пользователи и нужно будет постоянно отслеживать процесс и "отстреливать" пользователей мешающих переименованию.