Сейчас нет возможности проверить свое старое решение, но я помню что оно у меня работало.
Я делал следующее. Если во время обращения к аксапте через коннектор возникла ошибка, то я перезапускал коннектор, повторно делал Logon и заново запускал метод в котором возникла ошибка.
Перезапуск коннектора я делал так:
1. Убивал ссылку на объект коннектора:
m_pIAxapta3->Release();
m_pIAxapta3 = NULL;
2. Вызывал метод выгружающий библиотеку коннектора из памяти:
::CoFreeUnusedLibraries();
Соответственно у этого метода есть ограничения. Чтобы библиотека коннектора выгрузилась из памяти, надо убить все имеющиеся в процессе ссылки на объекты коннектора. Если у вас приложение написано на .NET, то как выгрузить библиотеку из памяти - я не знаю
