1. По поводу предоставления дополнтельных дней к отпуску- не уверена, что нужны какие-то специальные настройки. По крайне мере, в 3-ке полагающееся кол-во дней отпуска никак не рассчитывалось. Может в 4-ке появился какой-то функционал на эту тему, который автоматически при вводе отпуска указывает полагающееся кол-во дней.
А так, просто, при вводе отпуска ставьте то кол-во дней, сколько положено для данного сотрудника и все... я так думаю.
2. По поводу ставок. Здесь все зависит от того, каким образом у Вас настроены текущие ставки для расчета страховых взносов. Какой они имеют тип (системные, для группы, для сотрудника)?