Известная ошибка, и её пока не исправили. В каком-то отчете есть длинный SourceExpr, что и валит DTK. Чтобы это дело обойти исключайте из процедуры слияния конфликтные объекты - просто убирайте (не импортируйте) их в DTK.
Сделать слияние конфликтного объекта придется ручками.
К тому же при переходе с SP2 на SP3 ( а потом и на SP4
) загружайте в DTK только измененные объекты. Используйте фокус на определенную версию, либо ставьте флажок Changed Current Custom Objects Only, чтобы сократить время на слияние и на его анализ в дальнейшем.