[AndyD]

Что-то у вас каша в запросе получилась.

Во-первых, Аксапта не делает вложенные запросы.

Во-вторых, не помню точно, как называется запрос такого вида, как вы сделали по rPayHistory, по-моему запрос по полю, но у него есть некоторые правила. Для его выполнения необходимо указать имя таблицы, по которой выполняется запрос, в точно так же, как и в AOT. Определять табличную переменную для этого запроса не требуется. В предложении Where в условиях для полей таблицы необходимо так же указывать не имя табличной переменной, а имя таблицы (в данном случае заменить rPayHistoryLocal на rPayHistory). В запросе в том виде, как приведено у вас, вообще может не уйти на сервер, если набранное в where вернет false (а оно будет расчитано по значениям табличных переменных еще до его отправки) или уйдет без where

В-третьих, даже если исправить, вы не получите то, что хотите
На сервер уйдет один запрос по rPayHistory, где rPayHistory.Number == "" (так как Empl обнулится перед выполнением).
А дальше идет запрос по Empl без Where, если значение в RPayHrmOrganization.hrmOrganizationId совпало с тем, что вернул предыдущий запрос. Или вооще ничего не уходит на сервер, если значения не совпали.