Постановление Правительства РФ от 2 декабря 2000 г. N 914
"Об утверждении Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость"
Этим постановлением утверждена форма счет-фактуры. Никакая валюта там не указана. По умолчанию при выставлении счет-фактуры в базовой валюте компании код валюты не указывается, а если укажешь в валюте, отличной от базовой, код будет указан в столбцах фактуры.
И ещё проверь склонения для валют в справочнике валют, и сокращенное наименование (именно оно будет печататься в форме).