Цитата:
как влияет настройка схем в Commerce Gateway на интеркомпани?
Верно, никак не влияет. Своего рода схема уже "прошита" в программном коде. Типа номенклатура заказа - в номенклатуру закупки, сумма заказа - в сумму закупки и т.д. Влияют на интеркомпани только настройки организиций и таблицы преобразования кодов справочников.