[Hyper]

Логично.

    specTrans.skipDeleteActions(true);
    delete_from specTrans
        where specTrans.SpecTableId == custVendPaymProposalLine.TableId
        notexists join custVendPaymProposalLine
        where custVendPaymProposalLine.JournalId    == ledgerJournalTable.JournalNum
           && custVendPaymProposalLine.RecId        == specTrans.SpecRecId;

Если более одного пользователя работает с Payment proposal creation, то тот, кто последним создает Payment proposal - тот и прав. Записи SpecTrans для остальных журналов очищаются из-за условия "custVendPaymProposalLine.JournalId == ledgerJournalTable.JournalNum" в notexists join. Т.е. для остальных пользователей в журнал ничего не переносится.