Было что-то подобное - коннектор не логинился если серверное приложение работает как служба.
Единственный вариант при котором все заработало следующий:
1. При вызове логин в серверном приложении указываю только имя конфигурации
X++:
Axapta.Logon("","","","com");2. Конфигурацию настраиваю под некоторым пользователем и в свойствах службы указываю - входить от имени этого пользователя.