Есть несколько моментов связанных с пересчетом\закрытием склада. У Вас данные разошлись случаем не после этих операций?
Следует обратить внимание на операции, которые прошли по ГК с одинаковым счетом дебета и кредита: операция вроде как прошла и складской остаток поменяла, но остаток по ГК не поменяла. В основном такие операции могут быть связаны с модификациями в переносах (фомирование проводок ГК по переносу) или с операциями возврата поставщику (себестоимость возврата не равна себестоимости покупки и при пересчете разница кидается на счет, который обычно настроен так же как и счет учета материала. Это в разноске по складу настройка "Закупка\Себестоимость").
Ага. И конечно (glibs) если кто-то сделал проводку по ГК, по материальным счетам
Ну а методика проста: нужно локализовать период расхождения и уменьшить анализируемый объем данных