Если у вас нет неудачных доработок, и у вас нет врагов, которые правят данные грязными лапами или джобами в таблицах БД, то причины м.б. две.
1. Кто-то что-то разнес на счета учета запасов не из модуля УЗ.
2. Глючит ОСВ складская.
Для проверки п. 1 нужно использовать отчет ГК\Отчеты\Выверка\Запасы\Запасы (в терминах 4.0, вы же версию свою не указали
). Он покажет проблемные места. Дальше нужно смотреть глазками и искать причину.
По поводу п. 2... по наслышке от участников форума ОСВ знаменита своей глюкавостью. Обратитесь к серьезному программисту, которые еще и в функциональности знает толк.