ГК - Отчеты - Выверка - Выверка склада с ГК
Кроме того, например вот эта тема:
Сверка остатков по счетам учета материалов и складские остатки
Кроме токо поиском по словам сверка, выверка склада можно найти много достаточно подробных тем, посвященных данной проблеме.