[glibs]

Это критично?

Что за версия, если не секрет?

Я наблюдал эту или похожую проблему с себестоимостью по возвратам по закупкам в 3.0 сп3 с Inventory Closing Rollup. Там закрытие "вело" в случае, если было несколько приходов и расходов с одинаковым номером лота с одинаковым набором складских аналитик, по-моему. Я так и не поборол эту проблему. Но ее влияние на себестоимость в конкретном случае удалось свести к минимуму.

Если у вас номенклатура полностью списана, и закрытие склада ей себестоимость не "лечит", то попробуйте сделать какую-нибудь переоценку. Сам не пробовал, но может вам удасться с ее помощью решить проблему.