У вас конечный количественный остаток за все периоды по данной номенклатуре ноль или только в выбранном вами периоде?
Вы берете все проводки или по какой-то складской аналитике? Какие аналитики настроены финансовым складом?
Все выбранные проводки закрыты и полностью сопоставлены? Может быть, были маркировки проводок в разных периодах?
В общем, очень много узких моментов тут может быть. Денис Федотенко очень понятно на мой взгляд описал механизмы закрытия склада вот здесь
Denis Fedotenko: Себестоимость и закрытие склада