Да, придется каждую. Птичкой. Вручную.
Или автоматизировать путем написания job-ика. Только все как раз и не надо включать. Потому как:
1. При этом журнал будет отслеживать изменения самого себя - то есть первая же транзакция будет и последней.
2. Отслеживать изменения в служебных системных таблицах - лишняя трата времени.
Лучше ограничиться только теми таблицами, которые имеют значение для учета.