Посмотрите тут
(еще размышления, которые надо проверить, но не могу)
Большинство шаблонов отчетов имеют секцию PageHeader, где и вставляются ограничения. Если указать шаблон после создания Generated Design, то новая секция не появится и следовательно условий фильтрации не будет в отчете.
С другой стороны, раз такая галочка есть, то должна работать без всяких модификаций... надо копать.