Проверьте, что у Вас нет отрицательного финансового баланса по номенклатурам, использующим модель, у который Вы собираетесь отключить эту настройку. Помогут Вам отчеты по статусу склада (физического).
Если хотите быть уверены на 200%, проведите финансово все приходные проводки по этим номенлатурам. Разумеется, это не обязательное требование.
Добавлено: (соглашаясь с glibs 
) В принципе, ничего страшного не произойдет, если Вы его просто отключите. Потом по ходу, когда Аксапта будет ругаться, можете проверить, где там у Вас не хватает проведенных финансово приходов.