CTRL+F3.
Если ваши группы разбить на непересекающиеся множества.
И условие "
Одна номенклатурная единица может одновременно находится в разных аналитических группах" реализовано за счет того, что в номенклатуре создается несколько новых полей-ссылок на эти множества (каждая ссылка на свое).
По сути вы делаете правильную иерархию.
http://axapta.mazzy.ru/articles/tree/
http://forum.mazzy.ru/index.php?showtopic=1275
Дело за малым - нормализовать представление в реляционных таблицах. После чего используйте CTRL+F3.